চরভাগা ইউনিয়নে তেমন কোন বড় বা ঐতিহ্যবাহী খাল ও নদী নেই। তবে বর্তমানে চরভাগার অভ্যন্তরীণ পদ্মা নদী রয়েছে। এছারাও কয়েকটি খাল আছে। আর এই খাল গুলো হল :
১। মমিন আলী মোল্লার বাজার খাল।
২। পেদা কান্দি চৌ-খাল এবং তার উপর পেদা কান্দি ও বকাউল কান্দির সংযুক্ত ব্রীজ।
৩। পাল কান্দির ছোট খাল।
৪। পদ্মার একটি ছোট উপনদী রয়েছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস